胚胎干細胞在體內能夠分化成任何一類細胞，但是卻不能長期的保持干細胞ELISA試劑盒形態，否則會損壞胚胎。2006年，研究者們通過在成體細胞中導入4種不同的基因能夠將*分化的細胞重新調整為干細胞形態。這一類干細胞的特性與胚胎干細胞十分相似，而且有效地解決了當時存在的利用胚胎干細胞會出現的倫理問題。目前這一手段在范圍內都被廣泛使用，而且發明這一技術的日本科學家，來自京都大學的山中申彌教授也于2012年獲得了諾貝爾生理學與醫學獎。
然而問題并沒有解決，現在不少研究者們都質疑IPS細胞并不能*代替胚胎干細胞ELISA試劑盒的功能。一些研究發現IPS與胚胎干細胞并不*相同。由于目前開展的基于IPS的臨床試驗已經有很多，因此確定兩者的差異十分重要。
Hochedlinger等人發現有一些因素可以解釋IPS細胞與胚胎干細胞的區別：其一是細胞的來源。胚胎干細胞是胚胎來源的，而IPS基于成體分化細胞。它們的基因表達譜會有一定的差別；其二是干細胞的性別。男性與女性細胞中基因的表達確實會有不同。
為了研究清楚這些可能，科學家們利用了兩種來源于雄性的胚胎干細胞。他們使這兩株細胞自由生長分化成熟，之后通過誘導使之分轉變為IPS細胞。通過比較基因的活性，他們發現每一種IPS細胞的表達特征更傾向于其來源的胚胎干細胞，而非不同的胚胎干細胞。這一結果說明即使是IPS，也存在來源特異性的問題。
另外，Hochedlinger等人還鑒定出了IPS細胞與胚胎干細胞ELISA試劑盒之間49個基因的表達差異。為了研究這些基因的表達差異是否會影響細胞的表型，作者檢測了其中兩個基因：一個負責攝取葡萄糖，一個負責降解葡萄糖。結果顯示：盡管在基因表達水平上IPS細胞不如胚胎干細胞，但在功能上IPS細胞與胚胎干細胞利用葡萄糖的能力并沒有顯著區別。
