一般來說，探索細胞信號通路往往意味著研究磷酸化，比如分析激酶活性，甚至副產物（如ADP）。在此，我們就來看看研究人員如何通過監控激酶活性來研究細胞信號通路。開發和生物技術中所使用的許多篩選都是生化分析，利用單個純化或重組的激酶將底物磷酸化。據賽默飛世爾研發部門的副總監Kurt Vogel介紹，經典的工具要算時間分辨熒光共振能量轉移（TR-FRET）分析，它們尋找不同條件下磷酸化活性的改變。在這個分析中，“底物通常是一個小的肽段，標有熒光基團。而磷酸化特異的抗體上標有另一個熒光基團。這樣當抗體與磷酸化的肽段結合時，這兩個熒光標記彼此接近，可以發生FRET。一旦確定了目標化合物，人們也可以進行反向篩選，也就是換一換，通過單個化合物來篩選不同的激酶。短信已成為現代社會中一個*的溝通渠道。在細胞中，磷酸化事件充當了這一渠道。大量相互連接的細胞信號通路依賴激酶（和磷酸酶）將關鍵信息傳遞給一系列信使，有時候甚至從膜結合的表面分子一路傳遞給轉錄因子。許多信使分子本身就是激酶，有若干個絲氨酸、蘇氨酸和酪氨酸殘基，能夠可逆地接受無機磷（Pi）。檢測它們的磷酸化狀態，包括在狀態下如何改變，或如何被小分子所改變，是藥物篩選和基礎研究中的核心一環。
不過人們希望了解細胞信號通路系統，以及它們如何受到不同因素的影響，今天我們還沒有可靠的分析來測定細胞裂解液中特定激酶的活性，由于大部分肽段和蛋白質底物都是混雜的，它們能被各種內源性激酶磷酸化，因此你實際上同時測定了幾種不同的蛋白激酶。
